ATOKの方は、ジャストシステムのサポートに電話をして、新規辞書をつくって解決しました。
過去の辞書は壊れてしまっていて、内容を引き継げない感じなので、一太郎を新しく教育しなおしですが、IME使うよりはずっといいので……。
ちなみに、ATOKの辞書が壊れた時の対応策ですが（windows8.1）。
１）バーにあるATOKのアイコンを右クリック
２）「プロパティ（環境設定）」から「辞書・学習」タブを開き
３）「学習」にある「詳細設定」を開き
４）ユーザー辞書に新しい辞書をつくります（日付とかにしておくといつ更新したかわかりやすいかと）
５）OKを押すと、新しい辞書になります。「変換できません」メッセージは出なくなります。
古い辞書が無事なら、それを選んで、インポートができるようですが、完全に壊れてしまっているようで、復旧なりませんでした。
ネットを探してもあまりいい情報にたどり着けなかったので、どなたかのご参考になれば。
